
Esteve sob domínio árabe entre 715 e 1158, período em que se tornou uma cidade florescente, designada Al-Kassr. Em 1158, foi tomada por D. Afonso Henriques e novamente ocupada pelos muçulmanos — dinastia almóada — entre 1191 e 1217.
No reinado de D. Afonso II concretizou-se a sua reconquista definitiva com a ajuda dos cruzados. Recebeu foral em 1218 e, de novo, em 1516, e foi sede da ordem de Santiago de Espada, antes de esta ser transferida para Mértola, ainda no reinado de D. Sancho II.
Em Alcácer nasceu Pedro Nunes, matemático português do século XVI.